Здание, в котором находится музей, является памятником архитектуры. Оно построено в 1842 году по проекту Г. Торричелли в строгих классических формах. Экспозиция музея открывается рассказом о древнейшем судостроении, когда - примерно 5000 лет тому назад - наши предки научились выжигать и выдалбливать из дубовых стволов челны.

Экспонаты музея подробно рассказывают о развитии кораблестроения, положившем начало регулярному флоту, о многочисленных научных экспедициях, предпринятых в XVIII - первой половине XIX века, о замечательных географических открытиях, в том числе и об открытии нового континента - Антарктиды. В зале, посвященном этому периоду, выставлено большое количество моделей парусников филигранной работы. Экспозиция музея в целом, при всей ее строгой последовательности, отличается изобретательным чередованием форм и средств показа: рядом с подлинными документами - фотографии, рисунки, модели, карты, приборы и якоря.

История флота полна героики, будь то беспримерный подвиг торговых судов, совершивших тысячи "огненных рейсов" в период Великой Отечественной войны или научно-исследовательская эпопея челюскинцев, или китобойный промысел в Антарктиде, пролегающий через сороковые "ревущие широты".

Музей закрыт на реконструкцию.